هناك تسعة تحديات يجب التركيز عليها عند دمج البروبيوتيك في المصفوفات الغذائية. وهي: 1. اختيار الإجهاد ، 2. إنتاج الإجهاد ، 3. كيفية تلقيح الطعام ، 4. كيفية ضمان البقاء على قيد الحياة أثناء المعالجة ، 5. كيفية تجنب فقدان الجدوى أثناء التخزين ، 6. كيفية حساب [البروبيوتيك] عدد المستعمرات ، 7. التأثيرات على الخصائص الحسية للأغذية ، 8. [الحفاظ على المنتج] الاستقرار في منازل المستهلكين ، 9. وتلعب دورا في الجهاز الهضمي.
على وجه التحديد ، في العصائر ، غالبا ما تجلب الأحماض العضوية درجة الحموضة للمنتج أقل من 4 ، مما سيمنع بقاء البروبيوتيك. في الاختيار ، ينبغي النظر في تلك البروبيوتيك التي تتسامح مع انخفاض درجة الحموضة ، مثل Lactobacillus على Bifidobacterium.