على الرغم من أن البروبيوتيك تعتبر مفيدة للصحة، إلا أن تناول هذه الكائنات الحية الدقيقة في البداية يمكن أن يسبب مجموعة من الأعراض غير المريحة بالنسبة لبعض الأشخاص. عند تناول البروبيوتيك لأول مرة، قد يعاني بعض الأشخاص من أعراض مثل الانتفاخ والإسهال والصداع والحمى وآلام العضلات وضباب الدماغ وربما القلق. يُعتقد أن هذه الأعراض هي استجابة للتغيرات التي تحدث في الجسم، مثل زوال مسببات الأمراض المحتملة أو إعادة تنشيط الاستجابات المعوية، وهي ظاهرة يشار إليها أحيانًا باسم "رد فعل هيركسهايمر".
رد فعل هيركسهايمر هو استجابة أولية تشير عادة إلى أن الجسم يتكيف مع بيئة ميكروبية جديدة. قد يكون هذا بسبب تفاعل البروبيوتيك مع المجتمع الميكروبي الموجود، مما يتسبب في موت البكتيريا أو إطلاق المستقلبات التي تسبب هذه الأعراض. على الرغم من أنه غير مريح، إلا أن رد الفعل هذا عادةً ما يكون قصير الأمد ويهدأ بسرعة. يمكن اعتباره جزءًا من عملية التوازن في الجسم.
يؤثر هذا عادةً على عدد صغير فقط من الأشخاص، وتكون الأعراض خفيفة وتستمر عادةً من بضعة أيام إلى بضعة أسابيع فقط. إذا كانت هذه الأعراض تشعرك بعدم الراحة، يمكنك تقليل الجرعة أو التوقف عن استخدامه لبضعة أيام قبل المحاولة مرة أخرى؛ إذا استمرت هذه الأعراض لأكثر من بضعة أسابيع، توقف عن استخدامه؛ إذا كنت تعاني من ضيق في التنفس، أو ضيق في الحلق، أو خلايا النحل، أو غيرها من أعراض الحساسية، فيرجى التوقف عن استخدامه على الفور. لتقليل احتمالية حدوث آثار جانبية، خاصة بالنسبة لأولئك الذين يعانون من أجهزة هضمية حساسة، فمن الحكمة البدء بكمية صغيرة من البروبيوتيك ثم زيادة الجرعة على مدى بضعة أسابيع.
يجب استخدام البروبيوتيك بحذر خاص لدى الأشخاص الذين يعانون من نقص شديد في المناعة، لأنه في حالات نادرة، قد يؤدي تناول البروبيوتيك إلى الإصابة بالعدوى. وذلك لأن الجهاز المناعي لا يستطيع التحكم بشكل فعال في تكاثر الكائنات الحية الدقيقة في الجسم، مما يسبب خطر الإصابة بالعدوى.
قد يعاني بعض الأشخاص من ردود فعل تحسسية تجاه أنواع معينة من البروبيوتيك، وخاصة الخمائر المرتبطة ببكتيريا Saccharomyces boulardii. أنواع أخرى من البروبيوتيك، مثل العصيات اللبنية، لا تسبب بشكل عام ردود فعل تحسسية.
يمكن لبعض البروبيوتيك إنتاج الهستامين في الجهاز الهضمي. يمكن أن يسبب الإفراط في إطلاق الهستامين أعراضًا مثل الحكة، وزيادة إنتاج الدموع، وسيلان الأنف، وصعوبة التنفس، والاحمرار، والتورم، خاصة بالنسبة لأولئك الذين يعانون من عدم تحمل الهستامين. تجنب هذه السلالات بروبيوتيك لمنع الانزعاج.